战国时代和幕府时代曾经盛极一时的日本忍者，因为战败而强迫解散组织，似乎从历史中消失。然而事实上，多达20万人的忍者至今依旧暗中存在，秘密监视着过敏。貌不惊人的云隐九郎（坂泰斗配音）每天半死不活待在家里，看起来就是一个纯纯的废柴，其实他是一个身怀绝技的忍者。某天，冒充成快递员的上级找上门来，派他前往某高中与死对头的忍者部队作战。沉寂太久的云隐总算被组织唤醒了，但是这个任务并不是结束，反而是一系列大事件的开始……
本片改编自花泽健吾创作的同名漫画作品。